#!/bin/bash
# check assembly with mummer:


module load bioinfo/samtools-1.9
module load bioinfo/mummer-4.0.0beta2


### run mummer against IPO323
nucmer ../data/ztIPO323.chr8.fasta ../data/g1.chr8.fasta -p g1 
mummerplot g1.delta -f -Q ../data/g1.chr8.fasta --large --png -p g1_order
show-coords -r -c -l g1.delta > g1.coords

nucmer ../data/ztIPO323.chr8.fasta ../data/g2.chr8.fasta -p g2 
mummerplot g2.delta -f -Q ../data/g2.chr8.fasta --large --png -p g2_order
show-coords -r -c -l g2.delta > g2.coords

nucmer ../data/ztIPO323.chr8.fasta ../data/ST99CH_1A5.chr8.fasta -p ST99CH_1A5 
mummerplot ST99CH_1A5.delta -f -Q ../data/ST99CH_1A5.chr8.fasta --large --png -p ST99CH_1A5_order
show-coords -r -c -l ST99CH_1A5.delta > ST99CH_1A5.coords

nucmer ../data/ztIPO323.chr8.fasta ../data/ST99CH_3D7.chr8.fasta -p ST99CH_3D7 
mummerplot ST99CH_3D7.delta -f -Q ../data/ST99CH_3D7.chr8.fasta --large --png -p ST99CH_3D7_order
show-coords -r -c -l ST99CH_3D7.delta > ST99CH_3D7.coords

nucmer ../data/ztIPO323.chr8.fasta ../data/ZT1E4.chr8.fasta -p ZT1E4 
mummerplot ZT1E4.delta -f -Q ../data/ZT1E4.chr8.fasta --large --png -p ZT1E4_order
show-coords -r -c -l ZT1E4.delta > ZT1E4.coords

nucmer ../data/ztIPO323.chr8.fasta ../data/ZT3D1.chr8.fasta -p ZT3D1 
mummerplot ZT3D1.delta -f -Q ../data/ZT3D1.chr8.fasta --large --png -p ZT3D1_order
show-coords -r -c -l ZT3D1.delta > ZT3D1.coords